Camii ve türbesi karşısında olmak üzere iki bölümdür.Camii karşısındaki U şeklinde olup on üç odadan ve bir Dershaneden ibarettir. Üzerleri kubbelidir. İkinci bölüm Feshane caddesi tarafındadır. Birinciden buraya mermer Bir merdiven ile inilir. Avlunun kuzey tarafında altı oda, bunların sağ tarafında dört oda vardır. Doğu tarafında ise kubbeli üç oda, tonozlu bir büyük oda ile yüksek kubbeli ve içi mihrablı bir dershane mevcuttur. Medrese Mimar Sinan Tarafından 1580 yılında inşa olunmuştur.