Eyüp Sultan Camii Medresesi de denir. Fatih Sultan Mehmed tarafından camii ile beraber 1458 tarihinde yaptırılmıştır.Medrese odaları camii nin revaklarından başlayarak, türbenin sağ ve soluna kadar uzanıyordu. Sağ tarafındaki medrese odalarının bir kısmına sonradan Beşir Ağa Türbesi ve yanındaki cüzhaneler, sol tarafındaki hücrelere de Kıbrıs Fatihi Lala Mustafa Paşa Türbesi yapılmıştır. Medrese camii ile beraber 1766 depreminde çok zarar görmüştür. 1798 tarihinde camii yeniden yapılmış olduğu halde, medrese odaları tamamen Ortadan kaldırılarak iç avlu bugünkü duruma getirilmiştir.