Fetihten sonra Eyüp’te Fatih Sultan Mehmed tarafından yaptırılan ilk selâtin camii olan Eyüp Sultan Camii’nde yarım kubbe sistemi değişik bir şekilde ele alınmıştı. Camiden başka Fatih Sultan Mehmed, bir türbe, on altı hücreli bir medrese, mutfak, fırın, imaret ve bir çifte hamam inşa ettirmiştir. Caminin şadırvan havuzu Sultan II. Bayezid’in ilk yıllarında Çandarlı İbrahim Paşa tarafından yaptırılmıştır. Sultan III. Ahmed 1724’de minareleri yerlerinde yeniden yaptırılırken mahya kurulabilmesi için iki şerefeye yükselttirilmiştir.Sultan III. Selim, camiyi onartmak istemiştir fakat tamir edilemeyecek kadar hasarlı olan caminin yeniden inşaasına karar verilerek, 1798 tarihinde eski cami tamamen yıktırılmış ve bugünkü cami inşa edilmiştir. 10 Temmuz 1798’de temeli atılan camiyi, Sultan Selim 16 Ekim 1800’de, iki sene, üç ay, on bir günde inanılmaz bir süratle tamamlatmıştır. Yeni Eyüp Camii’ne harem avlusundan başka ikinci bir avlu daha ilave edilmiştir. Bugünkü dış avlunun bulunduğu yer Pazaryeridir ve “Rıza Pazarı” olarak adlandırılmaktadır.Sultan III. Selim buradaki dükânları bedelini ödemek suretiyle istimlâk etmiş, iç avludaki lüzumsuz binaları kaldırmış kitabenin ifadesiyle “binây-ı nâbecâyı” söküp atmıştır.